本品是重要的藥物原料和中間體，主要用于抗腫瘤活性物Goniofufurone，腦瘤抑制劑2-脫氧-2,2-二氟-D-吡喃阿拉伯糖，寡核苷酸前體(9-(3′-O-芐基-2′-O-芐氧羰基) β-D-呋喃木糖基)腺嘌呤，糖苷酶抑制劑野尻霉素，抗HIV活性物1,4-二脫氧-1,4-亞胺基-D-阿拉伯糖醇，抗菌消炎活性物糖基吲哚、(−)-Dinemasone B、磷脂酰肌醇甘露糖苷類(lèi)似物，具有多種藥理活性的糖基海星皂苷等的合成。也用于合成1,3-β-葡聚六聚糖**、磺達肝葵鈉和羥硝氨糖環(huán)素的中間體2,4,6-三-O-芐基-α-D-葡糖基-三氯乙酰亞胺酯、3-O-芐基-1,2-O-異亞丙基α-L-呋喃艾杜糖、3-O-芐基-1,2-O-異亞丙基α-呋喃木糖醛。
3-O-芐基-1,2;5,6-二-O-異亞丙基-α-D-呋喃葡萄糖用于合成以下衍生物：3-O-芐基-1,2-O-異亞丙基-D-呋喃葡萄糖，3-O-芐基-D-呋喃葡萄糖，α,β-D-甲基-吡喃葡糖苷，2,5,6-三-O-甲基-D-呋喃葡萄糖，3-O-芐基-木糖醇，3,4-二-O-甲基-D-赤蘚糖醇，2,4,6-三-O-甲基-D-甘露糖，L-艾杜糖，6-脫氧-6-乙酰胺基-艾杜吡喃硫糖，6-O-苯甲?；?/span>-1,2-O-異亞丙基-D-呋喃葡萄糖，3-O-芐基-4,6-苯亞甲基-D-呋喃葡萄糖，3-O-芐基-1,2-O-異亞丙基-D-呋喃葡萄糖醛酸，甲基-3-O-芐基-5,6-O-異亞丙基-α,β-D-呋喃葡萄糖苷等。
此外，3-O-芐基-1,2;5,6-二-O-異亞丙基-α-D-呋喃葡萄糖是有機反應的手性輔助子，低聚糖和糖聚合物的合成子。
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