近日，國際學(xué)術(shù)期刊Genomics， Proteomics & Bioinformatics在線(xiàn)發(fā)表了中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院（營(yíng)養與健康院）中科院－德國馬普計算生物學(xué)伙伴研究所楊力研究組關(guān)于環(huán)形RNA研究的最新進(jìn)展“CIRCpedia v2： An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison”。該研究通過(guò)整合分析多物種環(huán)形RNA數據，發(fā)布了升級版的環(huán)形RNA數據庫CIRCpedia v2。
升級版的環(huán)形RNA數據庫CIRCpeida v2共收錄了6個(gè)物種（包含人、小鼠、大鼠、斑馬魚(yú)、果蠅和線(xiàn)蟲(chóng)）中超過(guò)180個(gè)樣品的環(huán)形RNA計算分析結果。主要通過(guò)CIRCexplorer2和 MapSplice計算流程統計獲得了262，782個(gè)環(huán)形RNA分子，其中包括73，972個(gè)可變反向剪接事件。使用者可通過(guò)檢索和下載模塊獲取環(huán)形RNA基因組坐標、表達水平、可變反向剪接、人鼠保守性等多樣化信息，通過(guò)瀏覽模塊在基因組上圖形化查看環(huán)形RNA具體表達模式，并通過(guò)新的在線(xiàn)分析工具對不同樣品中的環(huán)形RNA開(kāi)展比較分析。這一升級版的環(huán)形RNA數據庫網(wǎng)站為環(huán)形RNA研究提供了一個(gè)全面和綜合性的平臺，為深入開(kāi)展環(huán)形RNA功能研究提供了數據支持和理論依據。
楊力研究組長(cháng)期從事RNA組學(xué)研究，通過(guò)合作研究系統揭示內含子互補配對序列對環(huán)形RNA表達的關(guān)鍵作用（Zhang et al.， Cell 2014； Zhang et al.， Cell Rep 2016）；表明不同順式內含子互補配對序列間的競爭性配對可以導致環(huán)形RNA的可變反向剪接，進(jìn)而從一個(gè)基因位點(diǎn)產(chǎn)生多個(gè)環(huán)形RNA分子（Zhang et al.， GenomeRes 2016）；通過(guò)系統衡量不同物種中順式作用元件對環(huán)形RNA生成的作用，闡明人基因組中所蘊含的大量?jì)群覣lu序列是環(huán)形RNA在人中高表達的主要原因之一（Dong et al.， RNABiol 2017）；發(fā)現反式作用蛋白因子NF90/NF110對環(huán)形RNA表達調控和功能作用的新機制（Li et al.， Mol Cell 2017）；并多次發(fā)表應邀綜述，系統總結環(huán)形RNA的生成加工及其潛在生物學(xué)功能的最新進(jìn)展（Yang， WIREs RNA 2015； Chen and Yang， Trends Cell Biol 2017； Li et al.， Mol Cell 2018）。
該項研究在楊力指導下，由計算生物學(xué)研究所研究助理董瑞（現為Harvard大學(xué)博士后）、碩博連讀研究生馬旭凱和李國衛共同完成，并得到了國家基金委和中科院的經(jīng)費支持。
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