Hi-C是近年發(fā)展起來(lái)的三維基因組學(xué)研究利器,由高通量測序技術(shù)(High-throughput sequencing)與染色體構象捕獲技術(shù)(Chromosome conformation capture)相結合衍生而來(lái),用于染色體構象的分析。
不過(guò),由于需要近千萬(wàn)個(gè)級別的細胞才能滿(mǎn)足一個(gè)Hi-C文庫的構建,這種“高不可攀”的建庫起始量極大限制了生殖和腫瘤等研究領(lǐng)域微量樣本的染色質(zhì)構象解析以及科研工作者對未知領(lǐng)域的探索。
因此,降低Hi-C建庫起始量,一直是三維基因組學(xué)研究者想要攻關(guān)的難題。
率先降低Hi-C技術(shù)建庫“門(mén)檻”
近期,三維基因組測序技術(shù)引領(lǐng)者——安諾基因成功推出了10萬(wàn)個(gè)細胞水平的Hi-C建庫,率先實(shí)現了低起始量Hi-C建庫的產(chǎn)業(yè)化服務(wù),讓Hi-C技術(shù)應用到了更多的研究領(lǐng)域。以下,是來(lái)自這一“升級版”Hi-C技術(shù)的一些實(shí)測數據:
樣本要求
樣本類(lèi)型:細胞(人、鼠或其他物種)
建庫起始量:10萬(wàn)個(gè)交聯(lián)細胞樣本/文庫(約3ug DNA)
測序平臺:Illumina Hiseq X TEN,PE150
實(shí)測小數據結果
對10余例人和小鼠的細胞樣本進(jìn)行了多輪測試,小數據評估結果顯示,最終可用于分析的Valid Rate(%)均在60%以上,可達83%。
仍在繼續升級Hi-C技術(shù)
安諾基因于2015年初首次在國內推出動(dòng)物群體Hi-C和單細胞Hi-C測序服務(wù),隨后將人類(lèi)染色體三維構象解析的分辨率提升至1kb水平;同年12月,公司又在國內首次推出了植物Hi-C測序服務(wù)。
四年來(lái),隨著(zhù)技術(shù)不斷提升,眾多科學(xué)家利用安諾基因的Hi-C技術(shù)發(fā)表了研究成果。公司與法國居里研究所、中國農業(yè)大學(xué)、中科院動(dòng)物所、西南大學(xué)、南京醫科大學(xué)等多家科研院所達成了深度合作,一些成果已發(fā)表在Nature、Molecular Plant、Nature communications、Genome Biology等雜志上,累計IF 達97.19。
安諾基因表示,10萬(wàn)個(gè)細胞的產(chǎn)業(yè)化Hi-C建庫,是微量細胞Hi-C建庫研發(fā)計劃中的關(guān)鍵性進(jìn)展,但這遠不是的終點(diǎn),持續降低Hi-C建庫起始量的研發(fā)仍在繼續。Hi-C技術(shù)的進(jìn)一步升級必將拓展其應用范圍和使用人群,幫助攻克更多生命科學(xué)領(lǐng)域的未解難題。
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