2010 年,Sonia Vallabh 目睹了自己 52 歲的母親患上了一種快速進(jìn)展、神秘且未確診的癡呆癥,并很快因此死亡,一年后,她得知自己的母親患上的是一種遺傳性朊病毒病——致死性家族性失眠。在接受基因檢測后,Sonia 得知自己同樣攜帶了 PRNPD178N 致病基因突變,這意味著(zhù)她自己也很可能也會(huì )患上這種朊病毒病,更重要的是,這種致命性疾病通常在 50 歲左右發(fā)病并很快導致死亡,且無(wú)藥可醫。
Sonia Vallabh 畢業(yè)于哈佛大學(xué)法學(xué)院,此時(shí)正在從事法律與咨詢(xún)工作,而他的丈夫 Eric Minikel 正在麻省理工學(xué)院(MIT)進(jìn)行城市規劃與交通專(zhuān)業(yè)的碩士專(zhuān)業(yè)學(xué)習。不愿坐以待斃的他們,決定放棄當前的工作和學(xué)業(yè),從零開(kāi)始學(xué)習生命科學(xué)。2015 年,他們被哈佛大學(xué)醫學(xué)院錄取讀博,2019 年獲得生物醫學(xué)博士學(xué)位。此后,他們在 Broad 研究所建立了實(shí)驗室,專(zhuān)注于在他們的有生之年開(kāi)發(fā)預防和治療朊病毒病的治療方法。在這幾年時(shí)間里,他們在 Nature、Science、Science Translational Medicine 等期刊發(fā)表了多篇高水平研究論文,為朊病毒病的治療帶來(lái)了新希望。
2025 年 1 月 14 日,Sonia Vallabh 和 Eric Minikel 聯(lián)合劉如謙教授,在國際頂尖醫學(xué)期刊 Nature Medicine 上發(fā)表了題為:In vivo base editing extends lifespan of a humanized mouse model of prion disease 的研究論文。
該研究通過(guò)體內堿基編輯,成功將朊病毒病人源化小鼠模型大腦中的致病朊病毒蛋白減少了 60%,將其壽命延長(cháng)了 50%,這也是首次證明降低朊病毒蛋白水平可以延長(cháng)感染了人類(lèi)朊病毒蛋白的動(dòng)物的壽命。
朊病毒病有很多不同的起源——一些是遺傳的,一些是自發(fā)發(fā)生的,還有一些源于感染。目前還沒(méi)有能夠治愈朊病毒病的方法,而這項研究是在已出現癥狀的朊病毒病患者中阻止或延緩疾病進(jìn)展方面邁出的重要一步,體內堿基編輯療法有望為不同起源的所有類(lèi)型的朊病毒病患者提供一種一次性治療方式。
在人類(lèi)中,目前已發(fā)現了4種朊病毒病——庫魯病、克-雅氏病、GSS 綜合征以及致死性家族性失眠癥。這些致命性神經(jīng)退行性疾病可自發(fā)出現,也可遺傳,甚至可通過(guò)傳播獲得(例如同類(lèi)相食)。所有的朊病毒病均由一個(gè)單一的分子機制導致。即都是由 PRNP 基因編碼的朊病毒蛋白(PrP)的構象從其固有折疊形式(PrPC)到一種自我復制的錯誤折疊形式(PrPSc)變化引起的,這種錯誤折疊的朊病毒蛋白會(huì )引發(fā)毀滅性的神經(jīng)退行性疾病。
雖然目前朊病毒病沒(méi)有有效的治療方法,但研究表明,降低實(shí)驗動(dòng)物大腦中的朊病毒蛋白水平可以阻止疾病進(jìn)展,并且具有最小化的副作用。此外,朊病毒蛋白(PrP)在哺乳動(dòng)物中是非必需的,因此,降低朊病毒蛋白在大腦中的表達水平是一種可行的治療策略。
在 Sonia Vallabh 和 Eric Minikel 從零開(kāi)始學(xué)習醫學(xué)以嘗試自救時(shí),CRISPR-Cas9 基因編輯技術(shù)誕生了,那時(shí)起,他們開(kāi)始思考是否可以使用 CRISPR 技術(shù)來(lái)破壞編碼朊病毒蛋白的基因來(lái)預防或治療朊病毒病。
2016 年,劉如謙教授開(kāi)發(fā)出了新一代基因編輯技術(shù)——堿基編輯(Base Editing),能夠精準編輯基因組中的單個(gè)堿基,無(wú)需造成 DNA 雙鏈斷裂,相比 CRISPR-Cas9,更具安全性和精準性。
2018 年,劉如謙教授找到 Sonia Vallabh 和 Eric Minikel 合作,開(kāi)始嘗試使用堿基編輯技術(shù)來(lái)終止朊病毒蛋白的表達,從而預防和治療朊病毒病。
Sonia Vallabh 和 Eric Minikel 發(fā)現,編碼朊病毒蛋白的基因(PRNP基因)的一個(gè)自然發(fā)生的點(diǎn)突變——R37X,會(huì )導致蛋白水平降低,而不會(huì )對人體產(chǎn)生有害副作用。這為使用堿基編輯預防和治療朊病毒病奠定了基礎。
研究團隊首先在人類(lèi)細胞中證實(shí),堿基編輯器(BE3.9max)能夠在人類(lèi)細胞中有效地實(shí)現了對 PRNP R37X 編輯。接下來(lái),研究團隊開(kāi)始嘗試將堿基編輯器遞送到大腦中。研究團隊使用了能夠穿越血腦屏障的 AAV 病毒血清型 PHP.eB。
在人源化朊病毒病小鼠模型中,雙 AAV 載體 PHP.eB 遞送的堿基編輯器 BE3.9max 的 PRNP R37X 編輯效率達 37%,小鼠模型大腦中朊病毒蛋白的表達水平下降了 50%,壽命延長(cháng)了 52%。
接下來(lái),研究團隊對堿基編輯系統進(jìn)行了工程改造,以提高其體內編輯效率,并降低非靶向組織中的堿基編輯器表達,改造后的堿基編輯系統使小鼠模型大腦中的朊病毒蛋白平均降低了 63%,而所需的 AAV 病毒載體劑量降低到了之前的不足六分之一,并且在人類(lèi)細胞或小鼠體內均未檢測到明顯的脫靶編輯。這些發(fā)現支持將體內堿基編輯用于朊病毒病的一次性治療。
Sonia Vallabh 表示,作為一個(gè)朊病毒病患者和一個(gè)科學(xué)家,我時(shí)常想我們現在遇到這個(gè)問(wèn)題是多么幸運,2011 年我收到自己可能會(huì )患上遺傳性朊病毒病的基因檢測報告時(shí),全世界都還沒(méi)聽(tīng)說(shuō)過(guò)堿基編輯。而現在,能有機會(huì )將這種強大的新工具用于我們的疾病,這是一個(gè)莫大的榮幸。
Eric Minikel表示,該研究開(kāi)發(fā)的堿基編輯系統距離成為朊病毒病的治療方法還有很長(cháng)的路要走,但看到它具有這么大可能性,真的很令人興奮。
劉如謙表示,非常幸運能有機會(huì )與 Eric 和 Sonia 合作,他們?yōu)檫@次合作帶來(lái)了巨大的專(zhuān)業(yè)知識、科學(xué)嚴謹和全身心的投入,我們希望這項研究結果可以為這類(lèi)重要疾病的一次性治療提供信息。此外,團隊目前正在計劃將先導編輯(Prime Editing)技術(shù)應用于朊病毒病的預防和治療,不是通過(guò)停止朊病毒蛋白的表達,而是直接編輯出導致良性朊病毒蛋白的保護性基因突變。
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2024年6月28日,Sonia Vallabh、Eric Minikel 與 Whitehead 研究所的蛋白質(zhì)折疊專(zhuān)家 Jonathan Weissman 合作,在國際頂尖學(xué)術(shù)期刊 Science 上發(fā)表了題為:Brainwide silencing of prion protein by AAV-mediated delivery of an engineered compact epigenetic editor 的研究論文。
該研究設計了一種緊湊的、無(wú)蛋白酶組分的表觀(guān)基因編輯器——CHARM——Coupled Histone tail for Autoinhibition Release of Methyltransferase(組蛋白尾部偶聯(lián)實(shí)現甲基轉移酶的自抑制釋放 )。
通過(guò)腺相關(guān)病毒(AAV)載體全身遞送 CHARM,能夠有效關(guān)閉小鼠整個(gè)大腦中編碼朊病毒蛋白的 PRNP 基因,而不會(huì )改變 DNA 序列。CHARM 代表了一種全新的、基于表觀(guān)遺傳干預的治療方式,可廣泛應用于由不需要的蛋白質(zhì)的毒性積聚引起的一系列疾病。
論文鏈接:
1. https://www.nature.com/articles/s41591-024-03466-w
2. https://www.science.org/doi/10.1126/science.ado7082
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