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Nature子刊:董晨團隊揭示CD8+T細胞活化的三維基因組調控機制

來(lái)源:生物世界
  2025-01-21
2025 年 1 月 16 日,董晨團隊于 Nature Communications 發(fā)文揭示 TRIM28 對 CD8 + T 細胞活化中三維染色質(zhì)狀態(tài)的關(guān)鍵調控作用,其缺失會(huì )抑制細胞活化、損害免疫能力,為免疫治療提供潛在靶點(diǎn)。

CD8+ T 細胞,也稱(chēng)為細胞毒性 T 淋巴細胞,通過(guò)識別并響應 MHC I 分子呈遞的抗原,發(fā)揮抗腫瘤和抗感染功能。CD8+ T 細胞在發(fā)揮功能前必須經(jīng)過(guò)活化,活化后的 CD8+ T 細胞高表達活化性受體,獲得殺傷性效應功能以及增殖潛力,與幼稚型 CD8+ T 細胞相比,它們在 DNA 甲基化、組蛋白修飾和染色質(zhì)可及性上展現出不同的表觀(guān)遺傳特征。隨著(zhù) 3C、4C 以及 Hi-C 等染色質(zhì)構象捕獲技術(shù)的不斷進(jìn)步,染色質(zhì)三維結構逐漸被解析,并被發(fā)現在胚胎發(fā)育、癌癥發(fā)生以及免疫細胞分化等關(guān)鍵生物學(xué)過(guò)程中扮演著(zhù)重要角色。然而,CD8+ T 細胞活化染色質(zhì)三維結構變化以及調控三維染色質(zhì)結構促進(jìn) CD8+ T 細胞活化的機制仍未被系統和深入地研究。

2025 年 1 月 16 日,董晨教授團隊在 Nature Communications 期刊發(fā)表了題為:TRIM28 is an essential regulator of three-dimensional chromatin state underpinning CD8+ T cell activation 的研究論文。

該研究揭示了 TRIM28 在 CD8+ T 細胞活化過(guò)程中三維染色質(zhì)狀態(tài)的關(guān)鍵調控作用,為理解 CD8+ T 細胞的免疫活化機制提供了新的視角,并為開(kāi)發(fā)針對腫瘤和感染的新型免疫治療策略提供了潛在的靶點(diǎn)。

研究揭示

在這項項研究中,董晨團隊通過(guò)一系列實(shí)驗,包括對小鼠 CD8+ T 細胞的 ATAC-seq、Hi-C 等技術(shù)手段的應用,發(fā)現 CD8+ T 細胞活化伴隨著(zhù)顯著(zhù)的三維基因組結構重塑。具體而言,研究顯示在 CD8+ T 細胞活化過(guò)程中,其染色質(zhì)三維結構經(jīng)歷了顯著(zhù)的重塑,A/B 區域中有 6.9%、拓撲關(guān)聯(lián)域中有 24% 以及染色質(zhì)環(huán)中有 85% 的結構發(fā)生了重組。這些變化與基因轉錄的調控密切相關(guān),對于 CD8+ T 細胞的活化和效應功能至關(guān)重要。

進(jìn)一步的研究發(fā)現,TRIM28 蛋白在這一過(guò)程中發(fā)揮著(zhù)核心作用。TRIM28 缺失顯著(zhù)抑制 CD8+ T 細胞的活化,具體表現為活化性受體表達降低,效應細胞因子分泌減少和細胞凋亡增加。同時(shí),TRIM28 缺失損害了 CD8+ T 細胞的抗腫瘤和抗感染能力。機制方面,TRIM28 缺失顯著(zhù)影響活化 CD8+ T 細胞的染色質(zhì)三維結構重組。CTCF 和 TRIM28 在 CD8+ T 細胞活化相關(guān)的基因存在共定位。接著(zhù)研究發(fā)現,CTCF 招募 TRIM28 后通過(guò) TRIM28 結合 Cohesin 促進(jìn)染色質(zhì)環(huán)的形成,從而調控 T 細胞活化相關(guān)的基因表達。

TRIM28 蛋白

這些發(fā)現不僅揭示了 TRIM28 在 CD8+ T 細胞活化中的關(guān)鍵作用,還為開(kāi)發(fā)針對腫瘤和感染的新型免疫治療策略提供了潛在靶點(diǎn)。通過(guò)調節 TRIM28 的功能,有望增強 CD8+ T 細胞的活性,從而提高機體對腫瘤和病原體的免疫應答能力。

論文鏈接:

https://www.nature.com/articles/s43018-024-00892-0

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